微生物被比喻为土壤养分循环的“转化器”、环境污染物的“净化器”、陆地生态系统稳定的“调节器”。可以说，没有土壤微生物，土壤就失去了活性，就没有了生产能力。
然而，我国农业长期过度依赖化肥，导致土壤中大量的有益微生物群落遭到破坏，土壤活性下降。改善当前破坏严重的土壤生态系统，提高土壤地力，当务之急就是补充土壤有益微生物，施用微生物肥料是最直接的有效方法。
微生物肥料种类
农业部批准登记的微生物肥料产品共有9类微生物菌剂、复合微生物肥料和生物有机肥。
9类微生物菌剂：根瘤菌剂、固氮菌剂、溶磷菌剂、硅酸盐菌剂、菌根菌剂、光合菌剂、有机物料腐熟剂、复合菌剂和土壤修复菌剂。微生物菌剂具有直接或间接改良土壤、恢复地力、维持根际微生物区系平衡、降解有毒有害物质等作用。
复合微生物肥料：是把无机营养元素、有机质、微生物菌有机结合于一体，体现无机化学肥料、有机肥料以及微生物肥料的综合效果，是化解土壤板结现象，修复和调理土壤，提高化学肥料利用率，提高果实品质及产量的首推肥料。
生物有机肥：是指特定功能微生物与主要以动植物残体为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的肥料。
微生物肥料的使用方法
微生物肥料具有生态适应性，施用时应依据当地生态状况、作物品种、土壤类型和耕作方式等确定具体施用方式和施用量，以达到较佳的作用效果。
微生物肥料可用作基肥、追肥、沟施或穴施，还可拌种、浸种、蘸根。其中生物有机肥一般作基肥、种肥、追肥。农用微生物菌剂除作基肥、种肥、追肥外，还可叶面喷施等。
农用微生物菌剂
主要用作基肥、追肥、育苗肥。固态菌剂一般用量2公斤/亩左右，与40-60公斤有机肥混合均匀后使用。在作物育苗时，可将固态菌剂掺入营养土中拌土，混均后装入营养钵中育苗；亦可将菌剂稀释10-20倍液拌种、蘸根、喷根；按1比100比例稀释后用于灌根、冲施；稀释500倍液进行叶面喷施。
复合微生物肥料
用作基肥10-20公斤/亩，同有机肥或农家肥一起施入；作追肥10-20公斤/亩，作物生长期追施；叶面喷施，稀释500倍叶面喷施。
物有机肥
作基肥100公斤/亩，同农家肥一起施入；作追肥比化肥提前7-10天左右，可参照化肥追肥用量施入。
微生物肥料使用注意事项
微生物肥料是生物活性肥料，施用方法比化肥、有机肥严格，要注意使用条件，严格按照说明书操作，否则难以获得良好效果。
1、微生物肥料对土壤条件要求比较严格。一般微生物肥料中的微生物在土壤温度为18℃-25℃时生命活动较为活跃，15℃以下时活性开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱，甚至处于休眠状态。因此，微生物肥料使用注意土壤温度，土壤湿度。
2、注意施肥时期。微生物肥料施入土壤后，微生物需要一个适应、生长、供养、繁殖的过程，一般在15天后可发挥作用。如果作追施，在作物的营养临界期前施用。施用时间适宜在清晨和傍晚或无雨阴天，这样可避免阳光中的紫外线将微生物杀死。避免在高温、干旱条件下使用。
3、微生物肥料不能长期泡在水中，在水田施用应干湿灌溉，促进微生物活动。以好氧型微生物为主的产品，则尽量不要用在水田。
4、微生物菌剂在施足有机肥基础上效果佳。如果土壤中的有机质供应充足，菌剂中微生物就会大量繁殖，抑制有害菌。反之，微生物就会因食物缺乏而死亡。因此，作物定植前一定要施足有机肥。
5、微生物肥料可单独使用，也可与其它肥料混合使用。但微生物肥料应避免与未腐熟的农家肥混用，否则会因农家肥发酵产生的高温杀死微生物而影响肥效。此外，避免与过酸、过碱的肥料混用。
6、避免与农药同时使用。化学农药都会不同程度抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。不要将微生物肥料与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及草木灰混合用。不用拌过杀虫剂、杀菌剂的工具装微生物肥料。
7、微生物肥料不宜久放。拆包后要及时施用，注意产品保质期。
