随着化肥工业的快速发展，化肥使用量不断增长，有机资源利用率低，针对这种情况，农业部公布了《对十二届全国人大四次会议第3698号建议的答复》，将会采取一系列措施，鼓励和引导农民科学使用化肥、增施有机肥料。
2008年起，中央财政安排耕地质量保护与提升专项经费，通过技术补贴，鼓励和引导农民实施农作物秸秆还田，恢复种植绿肥和增施有机肥。北京、江苏、上海、浙江等省市相继出台了农民施用商品有机肥补贴的政策，补贴金额每吨150-450元不等。2014年国家农业综合开发办公室下发了《国家农业综合开发办公室关于支持有机肥生产试点的指导意见》（国农办〔2014〕156号），中央财政安排资金试点省份建设了一批以农作物秸秆为主要原料的有机肥厂，适当扶持养殖业畜禽粪便资源循环利用，支持一批高效肥料的生产。
农业部表示，下一步将会同财政部等部门，从三个方面加大工作力度，推动有机肥的推广应用：
一是积极争取政策扶持。不断完善财政、税收、金融等政策，支持有机肥推广应用。深入开展畜禽粪污等废弃物综合利用试点，研究设立财政补贴专项，鼓励和引导农民使用有机肥。
二是集成配套技术模式。结合测土配方施肥、耕地保护和质量提升等项目的实施，进一步完善区域性肥料配方和施肥指导意见，做好宣传培训工作，提升农民使用有机肥，提升耕地地力的意识。针对不同区域耕地地力情况，通过示范引领，集成推广测土配方施肥和增施有机肥技术，减少化肥的不合理使用，培育良好的土壤生态环境。
三是推动耕地质量保护立法。积极推动耕地质量保护、肥料管理等法律法规的制定工作。通过立法，鼓励肥料使用者采用环境友好型、资源节约型技术，按照“用地养地相结合”的要求增施有机肥、提高耕地质量。
