化学肥料大都是由各种不同的盐类组成，所以当长期和大量的施用这些由盐类组成的化学肥料，进入土壤后，就会增加土壤溶液中盐的浓度而产生大小不同的渗透压，而细胞不但不能从土壤溶液中吸水，反而会将细胞质中的水分倒流入土壤溶液，就导致作物受害，即通常所说的“烧苗”或盐害。
不同肥料在施用量相同时，它们导致的土壤溶液中渗透压的增加不同，对作物受害的程度也不同。硝酸钠施入土壤后增加的渗透压最强；其次是硝酸钾、硝酸铵、磷酸一铵；磷酸盐类化肥最差。
尿素施入土壤中，先经水解变成碳酸铵或碳酸氢铵，然后进一步分解NH3；碳酸氢铵施入土壤中会直接分解成NH3，NH3产生过多，特别是在石灰性PH值较高的土壤中，很容易伤害种子、幼苗或根系。
在我国北方石灰性土壤上曾经发生过大面积因尿素和碳酸氢铵产生NH3导致严重缺苗断条的现象。在天气炎热的情况下，用尿素和碳酸氢铵进行追肥，或在作物叶面有水珠时追肥均有可能灼伤作物叶片。所以碳酸氢铵在高温季节作物封行或雨后不宜作追肥。尿素中含有缩二脲，施入量过高，常会伤害作物，特别在叶面施肥或者施于种子附近时。作叶面肥时，尿素中缩二脲的含量最好在0.25%以下。缩二脲中毒表现为叶片发黄，水稻有时会出现稻苗白化现象。玉米叶片脉间失绿，生长矮小，叶片伸展不开等症状。缩二脲在土壤中可以被微生物分解，因此，只要在施用尿素时与作物种子有一定距离，一般不会产生伤害。
