木耳代料栽培，虽大多采用熟料，但污染率仍较高，产量较低。现综合各地的经验如下：
(1)选育优良菌种：要求菌种生长快，菌丝多，有一定的抗杂菌能力。菌种的耳片以单生型较好，覆瓦状较差，单生型管理较方便，易于防治杂菌，耳基腐烂的机会较少。
(2)控制菌种的培养代数：有的单位从栽培种又扩大培养好几次，造成生活力弱，杂菌污染严重。因此，必须控制传代的次数。新分离或复壮菌种从母种、原种到栽培种，以5～6代以内较好，重点掌握菌龄要适当，原种、栽培种菌丝长透后半个月左右为好。
(3)通气、光照及湿度关系：要突破木耳污染木霉、青霉的难关，主要是模拟野生木耳的生活条件。在室外荫棚下栽培，通气、阳光都可满足。其中关键是抓住保湿这个环节。为此，采取的措施是：底铺湿砂，晴天用水喷雾，早晚各一次，喷水不可过急，中午不能喷水。每天接受散射光4～6小时。有雨天任其淋洗冲刷。这样，一般15～20天，也不被霉菌污染。
(4)及时采收：木耳成熟后，如不及时采收，易侵入杂菌，造成烂耳。木耳成熟的标准是：子实体耳片完全展平但不下垂;白色孢子大量发生，耳脚变小，即应及时采收。每隔3～5天采收一次。春秋耳采大留小，夏耳要全部采完，防止烂耳。采收后的塑料袋菌丝体，如果没有杂菌可在日光下照射杀菌，再移入阴湿处，促进耳芽生长。有杂菌的袋或菌块，应先冲洗，杀菌后在太阳光下晒，再保湿培养。
另外，挖瓶压块不可过早，过早易感染杂菌，过晚，培养基养分消耗多，产量不高。一般以菌丝体布满瓶，瓶壁略见耳芽为最适期。
