1、畸形菇。通风不良，菇房二氧化碳含量超过0.3%时，易出现畸形菇。出菇部位过深，在粗土缝间长出的菇也往往呈畸形。防治的重点是注意菇房的通风换气。
2、红根菇。栽培料偏酸，出菇前高温阶段，覆土层含水量过大，追施葡萄糖超量，菇房通风不良等都易导致红根菇。应调整好培养料的酸碱度，覆土含水量保持在22%―25%，避免高温时洒水，追肥浓度要适当。
3、空根白心菇。喷水太少，覆土层较干燥，子实体得不到充足的水分，菇柄产生白色髓部，甚至空心。预防措施主要是适时适量喷水，使出菇期菇房空气相对湿度保持在85%以上。
4、薄皮早开伞菇。出菇密度太大，温度偏高，或湿度偏低，子实体生长快而柄细盖薄，会提早开伞。注意保持菇房的温湿度，能有效预防薄皮早开伞菇的出现。
