近年来，随着林下食用菌种植面积逐年扩大，其害虫的危害也在逐年加重，并逐步成为食用菌生产发展的瓶颈。食用菌营养丰富，子实体缺乏保护和生产小气候等特点，极易受到害虫的危害。约有17个目的有害昆虫和动物能直接侵害食用菌的栽培基质、菌丝和子实体，害虫取食菌丝体或子实体，直接造成减产或影响子实体外观，致使食用菌产量下降或失去其商品性，或是由于虫伤导致腐生性细菌或其它病原菌侵染，或直接传播病原菌，导致出菇产量和质量下降。因此，在生产上要坚决执行“预防为主，综合防治”的植保方针，采取农业防治、物理防治、生物防治和化学防治相结合的方法，把害虫控制在经济为害水平之下。
1、粪蚊（Scatopse sp.）
粪蚊隶属于双翅目，粪蚊科，是北方地区危害林下食用菌的主要害虫。以幼虫危害平菇培养基、菌丝、原基和菇体，高温时期黄背木耳的原基和耳片遭受侵害。被害后的培养基松散，吃掉菌丝，破坏生长或失去出菇能力；耳片被被害后造成缺刻、孔洞、流耳，随之被绿霉等杂菌感染。
1.1 生活习性 成虫在晴朗天气活动、交尾，喜群集。在菇棚内，成虫常群栖于光线较暗的缝隙处或悬垂物上，黑粪蚊成虫在15℃～35℃均能交尾产卵，但以20℃～28℃时活动最旺。粪蚊幼虫共4龄，喜潮湿腐烂的环境。粪蚊常年发生，以老龄幼虫在培养料中越冬。次年春天化蛹羽化，飞回菇棚产卵危害。
1.2 危害对象 几乎危害所有食用菌的菌丝和子实体。
1.3 防治措施 ①、注意卫生，减少虫源，是防治粪蚊的重要环节，在使用菇棚前搞好内外卫生，彻底清除废料、垃圾等。②、覆土栽培时，土壤要经过暴晒，使用前土壤用甲醛液喷洒后，密闭熏蒸杀菌处理后使用。收菇后认真清理料面，除掉菇根。③、用黑光灯诱杀成虫。④、药剂防治，在成虫羽化期出菇，多次用药直到羽化期结束，选择菇净、菊酯类低度高效农药，用量在500～1000倍，整个菇棚要喷透、喷匀。
2、蚤蝇
蚤蝇又名粪蝇，属双翅目、蚤蝇科。北方地区主要有短脉异蚤蝇（Megaselia curtineura Brue）和白翅型蚤蝇（Megaselia sp.）两种。幼虫在发菌期蛀食菌丝体，从表层菌丝逐渐深入蛀食，但只蛀食新鲜菌丝，很少侵害老化的菌丝或菌索。也蛀食幼嫩子实体，该虫用口钩撕裂组织，食其汁液，使菇体萎缩，发黄失水而死亡。
2.1 生活习性 成虫白天活动，喜湿，对光和菌体香味具较强的趋性。多在下午飞出菇棚择偶交尾，雌蝇常选择幼菇及未被咬食过的菌丝体产卵，只要菌袋（床）有孔隙，常钻入袋（床）内产卵。成虫在15℃～35℃均能交尾产卵繁殖。1年多代，三代以后出现世代重叠现象。11月份以后以蛹在土缝或菇袋中越冬。
2.2 危害对象 几乎所有种类的食用菌，以平菇、鸡腿菇、双孢菇和草菇为主。
2.3 防治措施 ①、搞好菇棚内外卫生，避免蚤蝇在周围活动繁殖。②、发现菌袋内有虫卵时要及时销毁或回锅灭菌后重新接种。③、发现成虫在袋口或菇床表面活动时，要喷药防治，常用的药剂有菇净、菊酯类等。发现幼虫钻入袋内或料面内时，不出菇的情况下可注入2000倍菇净药液杀虫。
3、其它双翅目害虫
3.1 其它双翅目害虫 除去上述两种主要害虫外，其它双翅目害虫如蛾蚋科毛蠓、尖眼蚊蕈科迟眼蕈蚊、瘿蚊科瘿蚊、菌蚊科多菌蚊、蝇科家蝇和厩腐蝇、果蝇科黑木耳果蝇等双翅目害虫常与以上两种混合发生。
毛蠓（Psychoda）幼虫具有群集习性，几十头幼虫常群集一起取食菌丝，培养料受害后变黑，感染杂菌，发粘发臭。幼虫还能钻入木耳原基或耳片的隙缝处以及伞菌类的菌褶内部危害。迟眼蕈蚊（Bradysia minpleuroti）：以幼虫咬食菌丝、原基和菇体。被害后造成退菌、原基消失、菇蕾萎缩、耳片缺刻和菇体萎缩。被害部位基质呈糊状，发黑发黏，继而感染各种霉菌造成污染报废。瘿蚊（Mycophila fungicola Felt）：幼虫纺锤形，橘红色或淡黄色，常从柄基部蛀入造成断柄或倒伏。
每年7、8月份，温度高、天气炎热，菇棚中的温度随之上升，家蝇（Musca domesticaL.）、多菌蚊（Mycetophilidae docosia）、厩腐蝇（Muscina stabulans Fallen）、黑木耳果蝇（Drosophila sp.）等成虫混合大量发生，集体在培养料、子实体上产卵危害。如果菇棚通风不良、湿度大，受害将更加严重，菌丝衰退、子实体畸形、产量降低，经济效益严重受损。
3.2 防治方法 参照粪蚊与蚤蝇防治方法进行综合防治。
4、跳虫
跳虫又名香灰虫，以弹尾目主要昆虫为紫跳虫科紫跳虫（Hypogastrura communis Folsom）和长角跳科黑角跳虫（Entomobrya sauteri Borner）危害较严重。该虫在菌丝体表面取食菌丝，破坏菌种，抑制发菌。在子实体生长期群集危害菌柄、菌褶内活动取食，有时也到菌体表面取食，造成菇体凹点、缺刻和孔道，致使被害后产品质量下降。跳虫还能携带病原菌传播病害。
4.1 生活习性 跳虫常栖息在腐败物质及较阴湿的环境中。成虫产卵于培养料内或覆土层上，1年可发生6～7代。春季平均温度达15℃左右时开始活动，夏季高温季节危害最重。该虫行动活泼，善于跳跃，常在培养料、子实体上迅速爬行。跳虫喜群集，几百头甚至几千头一起在菌盖上危害，受到惊扰，立即跳离原处。
4.2 危害对象 几乎危害所有食用菌种类，以金针菇上多见。
4.3 防治措施 ①、搞好菇棚内外卫生，空气要通畅，防积水，防潮湿。②、覆土栽培时，培养料要经过二次发酵，高温可以杀灭跳虫。③、发现跳虫时，要喷药防治，常用的药剂有菇净、菊酯类等，或在采菇结束后在菌棒或料面内注入2000倍菇净药液杀虫。
5、螨类
螨类主要直接危害子实体及菌丝。子实体受害后形成褐色凹陷，菌丝受害后断裂老化，不能长出絮状的绒毛菌丝，菌丝生活力减退。
5.1 生活习性 螨虫多在夏季发生危害，气温高于25℃繁育快，危害严重。螨类喜爱温暖、潮湿环境，常潜伏在棉籽壳、麦麸、米糠等食用菌栽培料中。
5.2 危害对象 危害香菇、平菇、木耳、茶树菇、金针菇、鸡腿菇等多种食用菌。
5.3防治措施 ①、菇棚附近不要堆放原料，并要远离畜禽舍。②、菇棚使用前结合杀菌和其它害虫用药剂熏蒸2～3天。也可用食用菌专用杀虫剂杀1000倍液灭螨虫。③、出现螨虫后，要及时清理被螨虫危害的菌种或区域，然后喷洒专用杀虫剂杀灭。
6、其它害虫
双翅目蚊蝇、弹尾目跳虫、蛛形纲螨类以是危害各地食用菌的主要种群，数量大，危害重。其它像鞘翅目、革翅目、鳞翅目、直翅目、缨翅目、等翅目等害虫种类和数量均较少，危害较轻，属次要害虫。
次要害虫的要做到防与治相结合，以防为主，以治为辅，其综合防治主要做到以下几点：
第一，清除虫源、切断害虫的侵入途径是菇棚害虫防治的首要环节。选择良好的栽培场地，菇棚使用前要熏蒸消毒、发菌地和出菇地分开，并尽可能注意环境场地的卫生，新场地在使用前严格消毒等措施，都能起到良好的预防作用。
第二，采用物理、生物防治方法如利用电子灭蚊器、高压静电灭虫灯及黑光灯诱杀双翅目害虫或运用捕食性动物、寄生性生物和病原菌防治害虫。
第三，化学防治仍是一种十分有效的防治方法，对害虫种群的控制有着不可替代的作用，但是另一方面必须控制食用菌农药残留。从而选择出高效、低毒、低残留的农药，合理使用。
第四，防治食用菌害虫应该针对害虫种类、危害特点，食用菌种类及其生长发育特点，抓住关键时期防治害虫。
