在灭菌过程中，菌袋相互挤压，圆形的菌袋变形，致使栽培料和菌袋之间产生空隙，为菌丝拧结提供了空气和空间。再加上低温、光照刺激和机械刺激(如倒袋等)，使菌袋侧面的菌丝拧结形成原基，发育成子实体。由于塑料袋的限制，这种菇全部为畸形。发生这种情况，应及时对菇蕾进行捏压，使其停止生长，以免造成更多的营养浪费。
子实体个小，商品率低：
发生这种情况的原因是没有进行疏蕾。原基分化后，在菌袋两侧长出很多小菇蕾，少则几个，多则几十个。但由于营养和空间的限制，这些菇蕾大部分不能长成商品菇，所以要进行疏蕾，以免浪费营养。疏蕾的原则是在菇蕾刚形成时，选位置好、菇形正、大小相近的菇蕾，每面留4-6个，当子实体长至两厘米左右时，再进行一次优选，每面留2-4个。这样，便能保证较高的商品率了。
