近年来，合肥市积极转变养殖业发展方式，坚持规划先行、政策引导、绿色发展，助推产业转型升级。该市连续5年通过国家、省畜禽养殖业污染减排考核，所辖巢湖市入选为全国水产健康养殖示范县创建试点县。
合肥市畜牧水产局对全市畜牧水产业的发展布局进行了全面优化，明确优先发展肉羊、优质鱼，适度发展生猪、家禽。目前，全市禁养区面积约3300平方公里，限养区面积约3200平方公里，适养区面积约3700平方公里。通过养殖区域划分，为建设平安畜牧水产业、生态畜牧水产业、和谐畜牧水产业奠定了良好基础。
严格执行养殖区域划分规定，全市共投入补偿资金达到3亿元，对禁养区内的697家畜禽规模养殖场全部实施关闭或搬迁。累计统筹使用1个多亿的畜牧水产业发展资金，以“畜禽水产良种化、养殖设施化、生产规范化、防疫制度化、粪污无害化”为目标，改造升级规模养殖场420家，鼓励引导1600余家畜禽规模养殖场配套建设污粪处理设施，养殖废弃物资源化利用率提高到80%。
该市坚持走种养结合的生态循环型养殖之路，制定实施稻田龙虾、笼养蛋鸭等26项养殖地方标准，大力推广猪—沼—果、猪—沼—稻、林下养鸡以及发酵床养猪、池塘循环流水养鱼等绿色养殖模式，培育出了肥东安泰、肥西杰祥、长丰科鑫、巢湖江涛、庐江鸿润等一大批生态养殖企业。截至目前，全市稻田养殖面积达到10.8万亩，稻田种养与传统种植模式相比，农药、化肥使用量下降50%以上，每亩效益提升了1000元左右。全市累计创建了31个国家级、省级畜禽养殖标准化示范场，创建了79个国家级水产健康养殖示范场，示范场全部实现养殖废水达标排放。
