在充分保证粮食安全的前提下，充分发挥各地传统产业优势，促进林、牧、副、渔各业全面发展。选择适合资源条件的生产方式，调整农业产业结构是关键，做到宜农则农，宜林则林，宜牧则牧，宜渔则渔。形成区域化布局、专业化生产、产业化经营、标准化管理的现代农业发展新格局。大力发展无公害农产品、绿色食品和有机食品，强化生产基地建设。
采取强有力措施防治农业面源污染。上世纪八、九十年代，发达国家开始通过源头控制治理农业面源污染，发展环境友好的农业生产技术替代原有技术，在各主要水域和水源保护区，研究和制定限定性农业生产技术标准。通过技术与政策的结合，广泛推行农田最佳养分管理，限制水源保护区农田作物类型、轮作类型、施肥量、施肥时期、肥料品种和施肥方式，实行全流域氮、磷总量控制，削减农业面源污染排放量。20多年来，农用化学品用量较高的欧盟国家氮、磷化肥用量分别下降了大约30％和50％，曾经十分严重的地下水硝酸盐污染有所缓解，湖泊和近海域水体富营养化也得到一定程度改善。农药使用风险的防控和减量措施更加严厉。这些成功的农业面源污染防控策略和技术值得我国借鉴。
防治农业面源污染是农业生态文明建设的重要内容，是维护人民健康和农业可持续发展的根本保障。要以农业面源污染治理为切入点，建立起健全的农村环境治理体制与机制，尽快改善农村环境卫生和农业生态状况。抓好以水利建设为重点的农田基本建设，提高现有水利设施的效益。抓好土地整治改造工程建设，减少水土和养分的流失。科学用地和养地，大幅削减化肥使用量，增施有机肥，提高农田地力。严格控制农药的使用量和使用范围，尤其是要逐步禁止高毒高风险长残效农药的使用，防止农药污染农田和农产品，危害农业生态系统。治理农业面源污染艰巨而复杂，必须增强紧迫性和责任感，务求取得实效，全面实现《全国农业可持续发展规划（2015-2030年）》提出的各项目标。农业部2015年4月印发的《关于打好农业面源污染防治攻坚战的实施意见》，围绕节水农业、化肥农药使用规模控制、养殖污染防治、解决农田残膜污染、秸秆资源化利用和耕地重金属污染治理等六方面，提出了到2020年农业面源污染治理的具体目标，即“一控两减三基本”。“一控”是指控制农业用水总量和农业水环境污染，确保农业灌溉用水总量保持在3720亿立方米，农田灌溉用水水质达标；“两减”是指化肥、农药减量使用；“三基本”是指畜禽粪污、农膜、农作物秸秆基本得到资源化、综合循环再利用和无害化处理。
加大科研开发力度，推广和普及新技术。科技是现代高效生态农业的核心支撑，现代农业，必须依靠科技进步，积极研发和推广普及生态农业的各种生产技术，不断提高劳动生产率和资源利用率。一方面注重挖掘传统农业的技术精髓，另一方面要不断集成创新现代农业技术。挖掘并汲取传统农业精耕细作，重视资源环境与生态系统的保护等技术精髓，采用现代农业技术弥补其生产规模小、效率低、抵御自然灾害能力差等缺陷，使传统农业转变成现代高效的生态农业。
我国传统优良的用地和养地相结合的耕作理念有利于发展生态农业，采用立体多熟制和种养殖复合式，推广间套种立体种植、秸秆覆盖栽培、精耕细播与保护地栽培等技术，提高土地产出率和经济效益。大力发展节水农业，推广滴灌节水技术、抗旱保水技术，旱作节水农业等新技术。在植保上，重点研究和推广农药污染防治技术，如农药减量，使用农艺、物理、生物等综合防治农作物病虫草害的技术，用低毒低风险环境友好型农药替代高毒高风险型农药技术，以及农药残留生物降解技术等。在施肥方面，要严控化肥使用量，推广平衡施肥和配方施肥技术，大力使用农家有机肥等，减轻土壤和水体污染，降低农业生产成本，提高耕地质量。要以农村户用沼气建设为纽带，进行农村厕所改造、厨房改造、畜禽场圈改造。推广农村人畜粪便发酵除臭技术、畜禽粪便生物处理技术、规模化畜禽场圈粪便高温连续发酵技术、农作物秸秆等资源化利用(肥料化、能源化和饲料化)技术等。还要下大力气减少塑料薄膜的使用量和残留量，使用新型可降解液膜替代技术，普及农膜回收利用技术，从源头阻断难降解型农用覆盖塑料膜造成的有机化合物的污染。
加强教育培训工作，切实提高广大农民的科技文化素质。由于农民受文化知识教育相对偏少，整体素质不高，普遍缺乏科技知识和新技能的培训，长期形成的一些落后生产和生活方式，接受各项新技术的能力差，大量的科技成果得不到推广应用，有限的资源不能充分利用，使生态农业建设进展相当缓慢。因此，提高农民的科技文化素质，已成为生态农业发展的迫切任务。要充分利用报刊、电视、广播、网络等现代媒体，对农民进行宣传教育和培训，推动农民积极参与生态农业建设，提高广大农民的环保意识，推广和普及先进的生产技术和卫生健康的生活方式。引导广大农民自觉保护环境，形成文明卫生健康的生活习惯。并强化培养一批现代农民骨干，发挥其示范带头作用，努力使广大农民掌握各种具有一定科技含量的生态农业种植、养殖和农副产品加工技术，加快生态农业的建设步伐。
