生态补偿是以防止生态环境破坏、增强和促进生态系统良性发展为目的，以从事对生态环境产生或可能产生影响的生产、经营、开发、利用者为对象，以生态环境整治及恢复为主要内容，以经济调节为手段，以法律为保障的新型环境管理制度。生态补偿的目的是保护生态环境，基本原则是“谁开发、谁保护；谁破坏、谁恢复；谁受益、谁补偿；谁污染、谁付费”。随着农村城镇化的推进和一些生态功能区的划分和建立，生态补偿涵盖的范围越来越广，涉及的对象越来越多，政策落实的难度越来越大。畜禽养殖因为在排污、粪便处置等方面的问题，在一些特定的地方也被分成禁养、限养等区域，给畜禽产品生产者的生产和效益带来了一定的影响。畜禽养殖实行生态补偿，是落实补偿政策、确保养殖户生产效益的重要形式，也是解决畜禽养殖对环境影响的有效措施。
然而，由于畜禽养殖的传统性较强、养殖规模多元不一、政府功能性区域不太明确等，以致畜禽养殖生态补偿政策在落实当中依然存在一些问题。
一是政策的透明度不够。很多地方，对畜禽养殖划分了禁养、限养、放养等区域，但是畜禽养殖生态补偿机制却没有落实；有的地方批准成为风景区或者生态保护区，配套的政策措施一下子难以跟上；有的地方对畜禽养殖进行生态补偿，但为什么要补、补偿的标准是多少、如何来兑现落实等，养殖户并不清楚，也没有享受到相关政策的红利。
二是政策落实的保障力度不够。畜禽养殖生态补偿的主体多为政府部门，虽说政策明确生态补偿的基本原则是“谁受益，谁补偿”，但由于很多补偿的因素都是动态的，难以准确预计，有时候难免会造成生态补偿投入不足或者补偿不均衡等，难以保证养殖户正常合法的利益。
三是对违反政策的养殖户处置力度不够。畜禽养殖生态补偿机制一旦形成后，相关的养殖场（户）等就应该按照政策要求退出或者转型，而有些畜禽养殖生产者却是一边享受补偿政策，一边照旧养殖生产影响生态环境，更有甚者以土地、设施等补偿达不到要求为名，拒不退出，给其他畜禽养殖户带来不良影响，在这些方面目前还没有较好的处置措施。有些地方还存在禁养区、限养区区域分界模糊，给管理加大了难度，难以达到应有效果。
这些问题都对畜禽养殖生态补偿政策的落实和生态环境保护带来影响，应该认真研究，切实加以解决。笔者认为，落实畜禽养殖生态补偿政策，还需从以下几个方面着力。
第一，加大政策宣传力度。畜禽养殖是一个传统产业，也是与人们的生产生活密不可分的产业，因此实行畜禽养殖生态补偿政策，必须宣传到位。要将实行畜禽养殖生态补偿的区域以乡镇或者村为单位，向群众宣传落实，让老百姓了解和懂得相关政策，积极支持和参与到生态保护当中来。
第二，加大政策落实的保障力度。要改革现行的生态补偿方式方法，补偿资金要以畜禽产品的生产者为主，区域性补偿为辅，使补偿资金发挥出应有的作用；要加强对畜禽养殖的财政支持力度，将生态补偿经费纳入财政预算，给予保障；要支持和引导畜禽养殖退出者开辟新的产业门路，确保养殖户的利益不受损害。
第三，加大违反生态补偿政策的处置力度。要加大对畜禽养殖生态补偿政策落实情况的检查和监督，坚决打击套取和骗取生态补偿资金的不法行为；要建立畜禽养殖生态补偿资金的动态管理机制，对符合条件的补偿对象补偿到位，对不符合条件的对象要停发补偿资金；要发挥畜禽养殖生态补偿机制的政策导向作用，将畜禽养殖生态补偿打造成为既有利于生态环境保护又有利于畜牧业健康发展的长效机制。
