《办法》自2014年6月9日起施行。
《办法》明确规定了农业资源保护资金的五大支出内容，包括耕地保护与质量提升所需的耕地污染与产品监测、土壤改良培肥剂（料）、专用肥料、秸秆腐熟剂、接种根瘤菌、绿肥种子，种植结构调整所需的作物新品种、耕种条件改变、污染耕地修复治理期间农民收益损失补助等；草原生态保护与治理所需的草原禁牧补助、草畜平衡奖励、牧民生产资料综合补贴、绩效奖励、牧草良种补贴，飞播种草补助等；渔业资源保护与利用所需的水生生物增殖放流、海洋牧场建设、渔民减船转产补助等；畜禽粪污综合处理所需的主体设施建设、设备购置补助等；与农业资源及生态保护相关的其他支出。
为保证资金的及时下达，《办法》规定，在全国人民代表大会批准预算后90日内，中央财政应将农业资源保护资金按支持方向下达到省级财政。草原绩效奖励资金应于9月底完成评价工作后及时下达到省级财政。省级财政按照补助对象所属预算级次安排资金。安排给农业部直属垦区、新疆生产建设兵团的资金，列入其年度预算。资金支付按照财政国库管理制度有关规定执行。
《办法》要求，县级财政部门会同农业部门对农（牧）民补助的资金应经7天公示无异议后及时发放。发放方式应按照便民高效、资金安全的原则，通过“一卡通”等方式直接发放给农（牧）民。
2011年12月31日财政部、农业部印发的《中央财政草原生态保护补助奖励资金管理暂行办法》，2004年9月6日财政部、农业部印发的《中央财政飞播种草补助费管理暂行规定》，2003年9月18日财政部办公厅、农业部办公厅印发的《海洋捕捞渔民转产转业专项资金使用管理规定》同时废止。
