两湖流域蓝莓种植项目贷款实行“自愿申请、组织推荐、农信审批、全额贴息、风险补偿、多方共管”的管理方式。由农户或公司根据自身发展蓝莓种植的资金需求，自愿向所属县的蓝莓产业管理部门和农村信用社申请贷款。农户或企业所在村委会（社区）、镇（街道）、县级管理部门逐级审核、推荐。农村信用社按照现行信贷管理制度，依据借款人实际情况具体确定、自主审批发放项目贷款。
据了解，为鼓励农户或公司的种植积极性，“两湖”流域蓝莓种植项目贷款由财政部门在期限内进行贴息。农村信用社将充分发挥地方金融主力军的作用，与政府、企业统筹协调，形成合力，共同推动蓝莓产业的发展，确保“两湖”流域农业产业结构调整取得新突破。
