棉花的合理施肥就是依据气候条件，棉田地力，棉花需肥规律及棉花需肥规律及棉花长相长势，合理运筹肥料，起到培肥地力，促使棉花个体发育和群体发育，营养器官发育和生殖器官发育协调一致，达到棉花生产的优质，高产高效益的目的。
施肥化学肥料是以供给棉花养分为目的，而施用微生物肥料除向棉花提供养分外，重要的是增加根层土壤有益微生物菌群，改善土壤微生物区系，增加水稳性团粒，调整三项比例等土壤物理性状及生物、化学性状从而达到提高土壤肥力的目的。因此，有机、无机相结合，既能获得棉花高产，又能改善土壤，提高肥力。
棉花施肥分育苗，基肥和追肥。
育苗：华北地区一般采用育苗移植方法。在育苗营养土中可加入微生物菌剂，这样有利于防病，壮苗。如采用营养钵育苗每500克菌剂可与有机肥营养土等拌匀，装入300营养钵中。其它管理与常规育苗相同。
基肥在有一定保肥能力的棉田。复合微生物肥料（含N：P：K为5：5：5）每亩施用50kg。定植前使用，追肥在棉花作花铃期每亩40——50kg。在土壤肥力较差，质地偏砂的棉田应增加施肥量。此外在棉田有效锌含量0.2mg/kg应补充锌和硼肥,可用硫酸锌1~2kg/亩.硼砂0.5--1kg每亩.也可采用在叶面喷施在蕾期,初花期和花铃期进行。
