畜禽养殖中应用微生态制剂，如国内生产的天意EM原露、生态宝、壮壮崽、亿安奇乐CM等，可有效提高畜禽的免疫力，防治畜禽疾病，促进畜禽生长及改善生态环境等。但是，在使用微生态制剂时必须注意以下几个方面的问题。
1、选购应有针对性。
不同种类的微生态制剂，其中所含细菌对宿主畜禽有一定的特异性，对猪效果良好的微生态制剂，对鸡不一定有效。因此，在选择微生态制剂时，应根据自己的畜禽养殖品种，选择相对应的微生态制剂。
2、保存方法要科学。
微生态制剂含有一些微生物，不良的保存方法会造成制剂的失活。未启用的微生态制剂应保存在干燥、凉暗的地方，适宜的保存温度为5℃～15℃；未用完的微生态制剂在保持干燥、凉暗的环境的同时，特别要注意密封，因为氧气可使其中的厌氧菌失活。微生态制剂不管是否开启，都不宜长时间存放。
3、注意配伍禁忌。
微生态制剂所含的活菌对抗生素及其它杀菌药敏感。使用微生态制剂时，不可与抗生素及其它杀菌药混用，如果确实需要使用这些药物，也应间隔24小时以上再使用。
4、一般不用于治疗。
微生态制剂通过有益微生物竟争性地抑制有害细菌的生长，刺激机体提高免疫力，从而起到防治畜禽疾病的作用。因此，畜禽发生疾病后，用微生态制剂治疗效果往往不如抗生素明显，在实际使用中，主要还是用于预防疾病，特别是胃肠道疾病
