杀菌剂使用技术的要求高于杀虫剂，所以掌握起来难度比较大。因此，在使用杀菌剂时，一定要掌握下面几条原则方可收到良好效果。
1.要知道庄稼可能发生什么主要病害。这样才能做到对症下药。因不同类别的杀菌剂有不同的性质、特点和作用方式，没有"万能药"。
2.要知道杀菌剂的作用性质。根据药剂对病害防治的作用来划分，大体分三类：
保护性杀菌剂：这类样菌剂能够保护未被病菌侵染的施药部位，免受病菌侵染，需要在作物没有接触到病或病害发生之前，喷药才可收到效果，如铜制剂（波尔多液），硫制剂（石硫合剂），代森锰，代森锌等。
铲除性杀菌剂：这类药剂能直接杀死入侵前的病菌和治疗已被侵染的施药部位，常有消毒，很少直接用于作物上。如用福尔马林消毒带菌种子，粉锈宁对小麦条锈病、白粉病使用方法得当有铲除作用。
治疗性杀菌剂，也叫内吸性杀菌剂：这类杀菌剂被植物吸收传导后，可阻止植株各个部位的病菌发展。如多菌灵、托布津、春雷霉素等。
3.不同类农药使用方法也不同。
①种苗阶段系统保护：包括药液浸种、药液闷种、药剂拌种（干拌、湿拌）、种衣剂、药液浸蘸秧苗等等。常用的药剂有拌种双、福美双等。种苗包括种子、块根、块茎、鳞茎、插条、秧苗、苗木及其它用于繁殖的器官。
②药剂处理土壤。属整体或局部保护，如直接在苗床土壤中施药品种有五氯硝基苯、氯化苦等。处理土壤可采用以下方法：浇灌法（用水溶性药液，按每平方米5千克左右的量浇灌）；犁底或犁沟施药；翻混法（将药剂施于土壤表面，然后翻犁土壤，使药剂翻入土表下面）；注射法（用土壤注射器，按一定药量和孔距施入土壤中）等。
③叶面喷撒；叶面喷撒有多种剂型，如粉剂、微粉剂、可湿性粉剂、乳油、悬浮剂、水剂、烟雾剂等。
