牡丹的病害主要有：
一、红斑病：叶片上产生紫褐色近圆形小斑点，后逐渐扩展成不规则的大斑，并多具轮状环纹，后长出霉状物。
二、灰霉病：此病在叶、茎、花上均有发生。叶面产生褐色圆斑，并有不规则状环纹，天气潮湿时病斑上长出灰色霉状物。花上形成褐色花纹，花蕾受害后不能开放或腐烂变褐。
三、褐斑病：初期叶面出现紫褐色小斑点，后扩大形成淡褐色乃至黑褐色轮纹。
四、锈病：牡丹开花时叶面产生淡黄褐色小斑点，不久斑点内呈现橙黄色小脓疱，破裂后散出橙黄色的粉末，牡丹生长后期叶背丛生纤细的毛状物。
五、炭疽病：叶面出现圆形或不规则黄褐色凹陷病斑，边缘黑褐色，中间有黑色小点。
六、白绢病：此病发生在牡丹根颈部。初期根颈部表面形成白色菌丝，并出现水渍状褐色病斑。后期病斑上长出褐色菌核，这时植株地上部逐渐衰弱死亡。
上述病害的防治方法是：栽植前用500倍70%的托布津溶液浸根10分钟。发病后用400倍50%的代森铵溶液浇灌根部，或用50%多菌灵800倍液喷雾。发生锈病须喷300倍敌锈钠。
牡丹的虫害不多，主要有介壳虫、蛴螬、卷叶蛾等。蛴螬咬食牡丹根颈部，发生较为普遍而严重。当发生蛴螬等地下害虫为害时，可用5%的辛硫磷颗粒剂（每亩用药2公斤）均匀撒施于土表，然后翻入土中（约20厘米），防治效果良好。
