一、番茄脐腐病 主要表现在果实顶端下陷、变黑，面积逐渐扩大，病菌侵入后果实即烂。产生这种生理病害的主要原因是土壤干旱，植株果实部位缺钙形成的，因此高温干旱时此病发生多。栽培中应注意土壤不宜干旱，氮肥不宜施得过多，应多施有机肥，同时注意补充土壤中钙素的不足。
二、番茄畸形果 主要发生在第一果穗，也有少数发生在第二果穗个别果实，主要是形成各种奇形怪状的多心皮果实。产生这种现象的原因是：育苗期温度低，氮肥用量过多，土壤湿度大，营养生长过旺，造成子房发育不正常。因此，育苗期白天温度应保持在20℃左右，夜间温度应控制在10℃以下，少施氮肥，不要过量灌溉，这样就可以克服畸形果的发生。
三、番茄筋条果 即果肉组织维管束部位坏死变成暗黑色或果肉维管束变白成为白筋条果。黑筋条果多发生在光照弱，营养生长过盛，密植过度，氮肥施用过多，果实发育中代谢不正常。白筋条果则是由于缺钾，吸收氨态氮过多所造成的。实际上应注意大棚和温室的土壤排水，光照不足时温度不宜太高，白天应通风良好，不要过多施氮肥，要合理密植，适量施用钾和硼，最好用硝态氮肥，用量不宜过多。
四、果实着色不良 番茄果实成熟时不呈红色而呈黄褐色，为果实着色不良。原因是光照弱，温度低，氮肥施用过多，果实的叶绿素分解酶活性低。解决的办法是不宜过度密植，少施氮肥，以防营养生长过旺，同时温度不宜太低。
五、网纹果 果实表面可以看到果肉呈现网纹状，这种果实成熟迟缓。主要由于土壤干旱，根系不能很好地吸收磷、钾肥或磷、钾肥在植株体内移动困难，造成植株新陈代谢紊乱。因此，应注意适当灌水，防止土壤干旱。
六、氮肥过多 番茄植株氮素过多时生长受抑制，叶片比正常的短，看起来僵硬并呈深绿色。严重过量时，叶片失去膨压，叶缘干燥，出现下陷水溃状斑点。发生这种情况时，应停止施用氮肥、注意适当灌溉即可减轻危害。
七、锰的生理危害 番茄植株锰素过量时，生长受到抑制，顶部叶片细小，小叶脉间组织失绿。老叶发生许多坏死叶脉，后期中肋及叶脉死亡，老叶首先脱落。发生这种情况时可用硫酸锰稀释液（每50公斤水加入1.6克硫酸锰）叶面喷雾，每7～10天喷1次。
八、锌的生理危害 当锌过量时，番茄植株生长矮小，有徒长现象，幼叶极小，叶脉失绿，叶背变紫，老叶则极度向下弯曲，以后叶片变黄脱落。防治方法：应及时喷施硫酸锌稀释液，每50公斤水加入4.4克硫酸锌溶解后进行叶面喷施。
