随着农业产业结构的调整，近年来保护地黄瓜种植面积在不断扩大，但是产量得不到明显提高，而且有逐年下降的趋势，其主要原因是病害造成的，造成病害的原因之一是重茬种植。
主要病害有：立枯猝倒病、霜霉病、黑星病、细菌性角斑病，枯萎病、灰霉病、白粉病、病毒病、疫病等等。防治方法：
一、改进和提高栽培技术：
培育壮苗，适时栽培，施足基肥，适当增施磷钾和生物肥，合理安排浇水，最好喷雾壮水滴，浇水的时间应选在晴天上午进行。最好适时轮作，利用高垄栽培，提高植株的拉递性。
二、种植抗病品种和采取嫁接技术，可采用南瓜做黄瓜的砧木。
三、药剂防治
1、对苗床或种子进行消毒，播种期可用恶霉灵95%粉剂进行苗床消毒或拌种。苗床消毒每平方米用95%恶霉灵1克兑细沙土公斤，播种后均匀撒入苗床作盖土，或用95%恶霉灵3000倍液对苗床进行喷施。种子消毒：用95%恶霉灵粉剂3000倍液浸种，2小时后播种。移栽2～3天后喷一次绿亨二号，定植活棵后用3000倍95%恶霉灵进行根部灌注。这是防治黄瓜土传病害的主要手段，并且又很简单。在苗期生长期喷药可加些叶面肥，即可增产又能防病。
2、在黄瓜霜霉病和疫病即将发病或发病初期可选用安克500倍液，霜克500倍液，瑞毒霉500倍液，和大生500倍液交替进行喷雾，每隔7～10天施药一次，在发病高峰期可选用灭克600倍液，克霜500倍液轮换进行喷雾，每隔5～7天施药一次，在阴雨天可选百菌清烟剂200g/亩，熏蒸棚室，每隔3～5天熏蒸一次，还可选用霜克、百菌清粉皇1公斤/亩喷粉，每隔5～7天喷粉一次，以降低棚室湿度，达到防病治病的效果。
3、在黄瓜黑星病发病时可选用仙生500倍液、杜邦福星500倍、腈菌唑轮换进行喷雾，每隔7～10天施药一次。在阴雨天气可选用黑星烟剂250g/亩熏蒸棚室，每隔3～5天熏蒸一次。
4、在黄瓜灰霉病发病期可选用万霉效500倍嘧霉胺500～700倍、速克灵500倍，轮换进行喷雾，每隔7～10天施药一次。在发病高峰期可适当增加用药量，每隔3～5天施药一次，在阴雨天可选用速克灵烟剂250克/亩熏蒸棚室，每隔3～5天熏蒸一次。也可用万毒灵粉皇每亩地2公斤进行喷粉，降低湿度达到更好的防效。
5、在黄瓜角斑病发病初期可用可杀得800倍液，农用链霉素1000万单位轮换进行喷雾，每隔7～10天施药一次，在发病高峰时可选用水合霉素500倍液，可杀得500倍液进行喷雾，每隔3～5天施药一次。
6、在黄瓜病毒病发病初期用病毒疗苗500～800倍液（不与其它农药混用），毒畏500倍液，轮换进行喷雾每隔7～10天施药一次。
另外，根据多年的经验在霜霉病发病初期用100克红糖加100克尿素兑水，用喷雾器进行均匀喷雾对病害有很好的抑制作用。
