随着科学的发展，在养殖业中，饲料技术的不断更新，人们越来越青睐含有添加剂、抗生素的各种饲料，依赖一些化学药品伴随畜禽一生，以获得高额的利润。但人们却忽视了人畜对化学药品的抗药性，在养殖业中，由于鸡猪从入栏或出生开始，进食的都是一些粉末状的饲料，再加上饲养环境的束缚，猪和鸡得不到锻炼，使机体免疫力下降，胃肠功能减弱，消化、吸收能力差，饲料转化率降低，同时因少食、甚至不食粗纤维饲料使肠道蠕动缓慢，给病原菌带来大量繁殖的机会，造成一些肠道疾病多发，严重地影响了生产效益。
发酵床养殖技术，从圈舍建造上与传统的养殖方式有所不同，既给猪营造了足够的锻练，跑动空间，阳光和一些人畜自古以来必不可缺的微量元素，矿物质也从圈底随意可采食。
微生态圈底，富含粗纤维，无形中给猪带来了摄食的机会。传统养殖模式如人为投放粗纤维，一般情况下猪不喜采食，因不宜消化吸收，而微生态圈舍已经达到了回归自然的生长生存条件，故此猪可自由采食大量的粗纤维。这些多糖大分子，将饲料营养物质包围在细胞壁里，部分可溶解于水并产生黏性物质。这些黏性物质抑制动物的正常消化功能，妨碍营养吸收，所以称为抗营养因子。如将这些非淀粉多糖去除，营养物质就从细胞壁内释放出来，从而提高了蛋白的利用率。畜禽育生菌中含有非淀粉多糖酶一类能降解非淀粉多糖的水解酶类。所以发酵床圈舍从猪的采食粗纤维的比例与转化率上可节省三分之一的粮食供给，既达到了人性化管理又给猪创造了良好的生长环境，真正做到了人养猪，猪养人的目的。
微生物的应用研究对微生物菌株提出了众多要求，在养殖业中使用微生态技术时，单靠从自然界中筛选和对菌株随机诱变是难以实现上述目标的。研究和开发新的分子生物技术，有目的地改造乃创造新的生物功能，是开发微生物应用技术的必要前提。
微生物技术的开发仅有优良的菌株还不够，还要研究如何使菌株的生产性能得以充分的发挥。
微生物技术不仅仅是来自自然界的有益菌群，最关键的是要使近几十种菌株之间有利搭配、组合的作用达到理想的效果。
