目前正是百合采收季节，当地上茎秆全部枯死时，标志着鳞茎已成熟，即可采收。采收百合要选择晴天，刨挖时要轻，避免人为损伤。百合挖起后要随时剪去茎秆和须根，同时除净泥土。装筐时将留种的与不留种的分装，大球和小球、健球和病球分装，分开运贮,并做到轻拿、轻放、轻装，及时运入室内，薄层摊晾，用稻草遮盖避光，以免强光直晒而造成外层鳞片干燥和变色，影响美观，降低商品价值。经几天出“汗”后，方可贮藏。
百合采收后，除了供应市场直销和加工外，其余的需保鲜贮藏，缓解市场供求矛盾。留种用的百合更需要保鲜贮藏，以保持种球质量和提高发芽率。百合鲜藏的方法主要是沙藏法。鲜藏的百合要求是充分成熟、含水量低、无病、无虫、无伤痕的优质鳞茎。其次，要选择干燥通气、避光的窖、室，先用0.3％甲醛和高锰酸钾熏蒸消毒，然后在地上铺一层5－7厘米厚的细沙，将百合(倒)排放其上，再盖上3－4厘米的细沙，依次再排放一层百合、一层细沙……总高度不超过100厘米。最后在百合堆的四周和顶部用沙覆盖20－30厘米厚。鲜贮百合用的沙要干些，太湿百合将会生根和引起霉烂。贮藏期间，每隔20－30天检查一次，发现变坏的百合及时清除。
