番木瓜蛋白酶生产的原料来自未成熟的番木瓜果实，在未成熟的果实上割采乳汁，经加工处理后便可得到番木瓜蛋白酶粗品。
番木瓜蛋白酶生产的原料来自未成熟的番木瓜果实，在未成熟的果实上割采乳汁，经加工处理后便可得到番木瓜蛋白酶粗品。番木瓜乳汁割采可用刀具划破果皮，刀入果的深度以果皮割口容易愈合，而且流出的乳汁量最佳为宜，一般以0.8～1.5毫米较合适，每个果每次可割三条线，每个果实割采完第一次乳汁后隔几天可进行第二次割采，且可反复多次割采乳汁，直到没有乳汁流出为止。采割乳汁的植株管理要跟上，当每次割完果实乳汁时要增施水肥，这样可使植株有足够的营养补充，乳汁产量才高。如果植株生长势差、病虫害多、植株挂果少，产乳量就会较少。另外，不同的番木瓜品种，割采青果的乳量不同，生产者可根据番木瓜的主要用途，选择不同的品种种植。
在划破植株果实表皮后，乳液即时流出，在地下放置用薄膜做的简易薄膜盆，盛接果上流出的乳汁，绝不能用铝制品或铁制品装盛，且不能让乳汁暴露在阳光空气中时间过长。采集的乳汁，要以最快的速度送入工厂加工处理，以保证产品酶的活性。采集到的番木瓜乳汁经加工后可制成番木瓜蛋白酶粗品。现国内常有的生产工艺有：
1、热风干燥法
原理是利用热风，在特定的低温环境下，把收集到的番木瓜乳汁中的杂质去除后，直接干燥，所得干品便是番木瓜蛋白酶粗品。这种简单的设备工艺适合山区贫困地区发展多种经营之用，可节约成本，降低投资，快速回收资金。缺点是产品容易受污染，产品质量较低，温度不容易控制。
2、远红外线真空干燥法
把番木瓜乳汁置于真空条件下，利用远红外线的穿透作用，把番木瓜乳状物水分蒸发掉，在加压水射流作用下，把物料水蒸气带走。物料得到较快较均匀的干燥。该工艺优点是干燥时间短，产品质量稳定，不易受污染，设备结构简单，操作方便，安装容易，投资少。不足之处是当真空度达不到要求时，箱体内壁会有水珠挂住，未能带走。
3、喷雾干燥法
将番木瓜乳汁喷射成雾，雾化后再通过干燥室干燥。采用喷雾干燥法生产番木瓜蛋白酶优点是使产品质量提高，杂质少，品质纯度高，加工工艺应用得当，可生产出活性较高的可溶性产品。缺点是该设备没有定型产品，普通的干燥喷雾机要按需要改进，难度较大，性能不稳定，生产过程易出故障。
4、冷冻真空干燥法
在设定温度下，把番木瓜乳汁冻结，并送入干燥仓干燥。这种工艺方法生产的番木瓜蛋白酶质量稳定，活性较高，可供医学、化妆品、食品、生产试剂等方面的应用，缺点是初期投资费用较大，生产费用大，成本高。
目前我国应用较多的是喷雾干燥法和热风干燥法。
