近几年，作物种衣剂的品种迅速增多，涉及化合物类型和作用方式也各种各样。在应用过程中，由于选择和应用不当造成影响种子发芽出苗等药害问题时有发生。为了减少损失应注意以下几个问题。
1、针对不同作物选择不同类型种衣剂 我站多年实践调查表明，玉米、花生种子耐药性相对较强，大豆、水稻、小麦等作物种子对种衣剂较敏感易产生药害。因此应选择正规厂家生产的标明应用品种专用型种衣剂，同时应到农业技术推广部门或有信誉的农资经销部门购买。用前均需做好种子包衣试验。一般用营养钵在适宜浓度下适当增加用药量做发芽试验。
2、种衣剂的选择标准 正宗的种衣剂包衣后在10℃—20℃范围内30分钟即可成膜，而且种子受药均匀，经包衣种子无论人工播种还是机械播种均不粘连。种子下地后药剂能做到缓慢释放。含有机磷成分的种衣剂，一般气味大价格低廉，对地下害虫有效；含有克百威成分的种衣剂（一般含量在8%以上最好），其药对地下和地上害虫均有效，如玉米苗期金龟子、象甲虫，花生、大豆前期蚜虫等持效期达50—60天。
3、种衣剂的药害症状 经过包衣后种子出苗期较未包衣种子一般晚出苗1—3天，个别作物在出苗后叶片有皱缩现象，大约持续1周左右，如大豆种子。主要原因：种衣剂内含有调节剂等成分造成，一般对后期产量没有影响，有增产作用；但有些种衣剂因含有成分复杂，对作物敏感成分较多，使用不当就会使种子发芽受到影响，长时间不能拱土，即使拱土幼苗也不能很快恢复生长，而形成小老苗，对作物后期产量有严重影响。
4、购买优质合格的种衣剂 种衣剂的质量好坏直接影响种子出苗，部分农民在购买和选择时不注意观察产品质量性状，经常购买质差价廉或过期假冒伪劣种衣剂，严重影响种子发芽。我站1996—2003年调查，从最初几个厂家的几个品种到20余个厂家的30多个品种种衣剂，几乎每年都有因种衣剂选择使用不当造成大面积烂种或种子出苗不齐、防虫效果差、不能机械播种等现象发生。2003年我镇因使用不合格种衣剂造成玉米、大豆、花生受害面积达30公顷，其中大豆受害最为严重。
5、严格控制用药量，适期包衣 被包衣的种子必须是优良的种子和有较强的发芽势。调查表明，发芽势强的种子一般抗药性较强，而发芽势弱的种子经包衣尤其是超量使用种子受药害较重，甚至不能正常出苗。无论是什么作物种子包衣时均应按要求严格控制药量，而且要使被包衣种子受药均匀。一般种衣剂均不需要加水使用，包衣后的种子一般在通风避阳处晾晒1—2小时即可，不要放在太阳直光下暴晒。包衣时间可以适当提前几周，经过包衣的玉米、水稻等粮食作物种子有剩余，可以留到下一年使用，而油料作物种子则不能使用。
