常见的畸形棉苗有八种类型：一是幼茎肥大子叶较小的胖脚苗；二是棉苗出土棉壳未脱的带壳苗；三是棉子破土子叶朝下幼根外露的跷脚苗；四是出苗成簇幼茎纤细的球状苗；五是棉苗子叶展开幼根顶端变成褐色的锈苗；六是幼茎细长子叶肥大的线状苗；七是幼嫩真叶出现皱纹的缩叶苗；八是幼嫩真叶呈现鸡爪形的鸡脚苗。
产生带壳苗的原因，一是棉子盖土过浅；二是苗床没有浇透水；三是采用毛棉子播种的播前没有浸种吸足水分。由于胚乳膨压不足，使之棉壳尚未脱落就被带出土面。产生跷脚苗的原因，一是棉子盖土厚薄不匀，部分棉子外露；二是播种时棉子大头朝下，胚根出土后即朝土表跷起。产生球状苗的原因，主要是钵内播种量过大，结果出苗成团。产生锈苗的原因，一是棉子播后盖土镇压过紧；二是地下水位过高，两者都易造成供氧不足，致使幼根尖端生锈或腐烂。产生线状苗的原因，主要是营养钵直径过小，其次是播量过大。产生缩叶苗的原因，主要是幼苗遇到冻害所致。产生鸡脚苗的原因，主要是误用了植物生长调节剂。
为了使棉花做到一次播种一次全苗，壮苗早发，提高棉苗素质，必须及时采取预防措施，尽量避免畸形苗发生。一是采用毛棉子播种的，播前要用温汤浸种。采用精加工棉子播种的，一次要浇透水，出苗前无须再浇水；二是棉子播种后盖土厚度只需1.5~2.0厘米，不宜太薄或过厚；三是精加工棉子每钵只需播种一粒；四是提倡大钵育苗，钵体直径7—8厘米，棉子播种时要摆平；五是苗床要选择避风向阳、无荫蔽、无明涝暗渍的床址；六是营养钵育苗要注意防止冻害，做到苗不移栽膜不离床；七是苗床除草宜用床草净，忌用2，4－D。
