烤烟漂浮育苗的病虫害防治以预防为主，消除病源，控制发病条件。在认真做了育苗前的各项消毒工作后基本不会有病虫害的发生。如果育苗过程中出现病虫危害，就应及时清除病株，同时对其它未感病的烟苗喷施防治药剂。
炭疽病 如图1所示。可用代森锌80％粉剂600倍液，或用50％退菌特粉剂700倍液或25％多菌灵500倍液防治。
猝倒病 发病时期：苗期。
症状：如图2所示，发病初期，病苗近地面呈水渍状褐色腐烂，幼叶暗绿色。发病后期，成片病苗似开水烫状倒伏死亡，湿度大时，病苗和苗床表面有白色丝絮状物的菌丝体。
用25％甲霜灵1000倍液或70％敌克松粉剂700倍液防治。
根黑腐病 用50％退菌特700倍液或50％甲基托布津粉剂1000倍液防治。
治虫 用90％敌百虫固体500倍液，50％抗蚜威粉剂500倍液防治。
防藻 用氧化铜15克/苗床，或硫酸铜20克／苗床防治。
