自20世纪80年代开始，有机肥逐渐走入人们的视野之中，国内工业迅速发展，结合环保部门的要求，国内有机肥企业通过一系列的发展现已颇具规模化，因有机肥属于资源回收再利用的肥种，国内相应补贴政策仍在持续中，如为便于有机肥产品增值税政策的执行，2015年12月1日国税总局发布《财政部国家税务总局关于有机肥产品免征增值税的通知》，规定享受增值税免税政策的有机肥产品中，有机肥料按《有机肥料》（NY525-2012）标准执行，有机-无机复混肥料按《有机-无机复混肥料》（GB18877-2009）标准执行，生物有机肥按《生物有机肥》（NY884-2012）标准执行。不符合上述标准的有机肥产品，不得享受增值税免税政策。自今年1月1日起执行，政策更加趋于规范化，但当前价格仍与传统肥料仍有部分区别。
第一是价格调整周期较长。传统肥料市场对于价格均有不同程度的反应，其中尿素价格尤为灵敏，但有机肥价格基本与市场供需、淡旺季以及原料方面均无一定的相关性，价格调整周期相对于传统肥料来说比较长，基本上价格一年或者两年制定一次价格，主要原因有以下几点：首先是政府对于有机肥行业的支撑令企业可以在淡旺季市场上可以“旱涝保收”；其次有机肥虽被称为肥料，但其主要的功能为改良土壤，提升土壤中有机质的养分含量，从这点上看，有机肥市场全年并不存在明显的淡旺季；最后有机肥作为新兴肥种，市场仍处在缓慢接受程度正在磨合中，若价格调整过快，基层市场接受程度必然会降低，另外受到农家肥的冲击和企业自身周转的制约，价格可调整空间有限。
第二区域价格相对统一化和差异化。传统肥料针对不同地区会有不同的价格，如二铵，市场上基本是以东北、西北等地到站价为主要参考，倒推回出厂价格并不统一，地销略高。但有机肥价格无论是地销还是外发价格均相对统一化，其一是因主销当地，外发市场品牌性较低，实际成交数量较小，价格持稳；其二有机肥市场透明度较低，行业尚未完全进入标准化。在价格存在统一化的同时也存在着差异化，主要体现在同一产品在不同区域或相同区域价格截然不同，以GB525-2012的有机肥为例，全国地区高端价格可达1500元/吨以上，低端价格可低至300元/吨以上，造成此种现象的因素主要有以下几点：首先是原材料价格不同，虽说均为回收资源，但部分工业下脚料价格仍旧相对较高；其次行业间整体制度仍未得到统一的规范化，部分企业为宣传卖点常常会以企业标准生产有机肥，长久发展之下，国内有机肥的添加物和功效均变成“八仙过海。各显神通”。
有机肥作为一个新兴肥种，一方面是减少当前社会的污染，另一方面是为了改良国内土壤的有机质，两者的功能均不可或缺，但从价格方面就可得出，现在的有机肥行业制度仍显得较为混乱，多数业内人士也在呼吁政府在一定的程度上对行业的监管力度应将再度加强，笔者亦不愿看到有机肥这个朝阳行业成为困在窗子里的苍蝇，看似前途光明，但却寸步难行。
