荔枝根系因苗木繁殖方法不同而异。实生树及嫁接树有发达的主根；高压（圈枝）繁殖的荔枝侧根须根发达，没有主根。荔枝的根系由很多粗壮发达的侧根和纤细茂密的细根所组成，初生的幼根白色，肉质，质脆易断，俗称“豆芽根”。老根呈灰褐色。荔枝根系与真菌共生，形成菌根，为总状分枝式。