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益生菌进入畜禽肠道内，在其复杂的微生态环境中与近400种正常菌群会合，显现出栖生、互生、偏生、竞争或吞噬等复杂关系，因此，研究益生菌的作用机理难度很大，当前对其作用机理的认识，可归纳为以下几点：：
①抗菌效应，加大肠道内有益菌的比例，使有害菌的比例降低。由于益生素所含的菌体对致病菌的拮抗作用，而使致病茵的生长受到抑制。
②为动物提供多种对其生长发育有益的物质，如维生素、氨基酸，淀粉酶、蛋白酶等消化酶类，以及其它促生长物质。
③影响免疫系统，刺激动物肠管免疫系统细胞，提高局部免疫机能及抗病能力。
④抑制肠道疾病，减少氨及其它腐败物质的生成、阻碍肠内细菌产生生物胺、吲哚和大肠杆菌内毒素等毒性物质。
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